في يوم من أيام صيف عام 1893، كان أحد العمال يصلح السقف من الجهة الغربية، ويبدو أنه أعجب بالمنظر، وهاج في نفسه الشوق إلى نفس دخان، فجاء بنرجيلته وأوقد النار ليشعلها. فأشعل النار في الجامع.
وبدأ الصراخ من كل حدب وصوب: لقد احترق الأموي، الجامع الكبير يحترق. الأموي يحترق....
ترك التجار محلاتهم مفتوحة وركضوا باتجاه الجامع، بدأوا بإخراج السجاد والمصاحف وكل ما تصل أيديهم إليه.
وركض البعض إلى الماء في محاولة لإطفاء النار، إلاّ أن النار كانت أسرع من الجميع.
كان خشب السقف قديماً جافاً، فما إن شم رائحة النار حتى التهب كله دفعة واحدة، وخلال نصف ساعة صار سقف الجامع شعلة واحدة، التهب معه المسجد، وانهار على أثره البناء كله... وامتدت النار إلى الأسواق المجاورة.
ومع توقف النار التي بدأت صباحاً، أقيمت صلاة الظهر في الجامع، والجميع يردد: الله أكبر، الله أكبر من الجامع، فإن ذهب الجامع فالصلاة باقية.
لقد وحدت هذه الكارثة قلوب الدمشقيين بأغنيائهم وفقرائهم، فقاموا بتأليف لجنة في كل حي لجمع المال لإعادة إعمار الجامع، فكان الغني يجود بماله، والفنان بصنعته. والفقير بعمله.
وقام عبد الله الحموي وهو ‫دمشقي‬ بإختراع عربة لنقل الأعمدة الجديدة من جبال المزة إلى حرم الجامع.
كان يعمل في بناء الجامع أكثر من خمسمائة عامل يومياً لمدة تسع سنوات حيث انتهى العمل في اعادة البناء عام 1902.
لقد أعادت ‫دمشق‬ بناء مسجدها بفضل القلوب المؤمنة والمخلصة والمحبة، وقد تم العمل بأموال الدمشقيين وزنود أولادها البررة وخبرة صناعها المهرة.