رغم فوائد الزنجبيل الخارقة والكثيرة إلّا أن الإفراط في تناوله يسبب مشاكل خطيرة قد يجهلها البعض ومنها:
1- مشاكل في الجهاز الهضمي والإسهال وحرقة المعدة والقرحة وانسداد الأمعاء.
2- يشكل خطر كبير على صحة المرأة الحامل والجنين فقد يسبب الإجهاض والنزيف وتشوهات الأجنة.
3- يعمل على انخفاض مستوى السكر في الدم، فلا ينصح بتناوله لمرضى السكر حتى لا يسبب خطر على صحتهم.
4- يشكل خطر على مرضى الضغط.
5- يسبب الطفح الجلدي وعدم الشعور بالراحة.
6- تناول الزنجبيل المستمر يشكل خطر على صحة القلب والأوعية الدموية.
7- اثبتت بعض الدراسات أن تناول الزنجبيل أثناء فتره الحيض قد يسبب النزيف المزمن.
8- يسبب الغازات والانتفاخ.
9- يحفز إفراز الصفراء في الجهاز الهضمي ويسبب ألم وحرق شديد في المعدة.
10- يسبب التهابات شديدة في العين وخصوصا لمرضى الحساسية.
11- الجرعات الزائدة في تناول الزنجبيل تسبب حصوات المرارة والالتهابات الشديدة.
12- على الرغم من فوائده للأطفال ولكن ينصح الأطباء دائما بعدم اعطاءه للرضع لتتجنب اضراره على الجهاز الهضمي والجلد.
13- يسبب سرعة ضربات القلب وخفقانه والهبوط.