رغم فوائد الزنجبيل الخارقة والكثيرة إلّا أن الإفراط في تناوله يسبب مشاكل خطيرة قد يجهلها البعض ومنها:

1- مشاكل في الجهاز الهضمي والإسهال وحرقة المعدة والقرحة وانسداد الأمعاء.

2- يشكل خطر كبير على صحة المرأة الحامل والجنين فقد يسبب الإجهاض والنزيف وتشوهات الأجنة.

3- يعمل على انخفاض مستوى السكر في الدم، فلا ينصح بتناوله لمرضى السكر حتى لا يسبب خطر على صحتهم.

4- يشكل خطر على مرضى الضغط.

5- يسبب الطفح الجلدي وعدم الشعور بالراحة.

6- تناول الزنجبيل المستمر يشكل خطر على صحة القلب والأوعية الدموية.

7- اثبتت بعض الدراسات أن تناول الزنجبيل أثناء فتره الحيض قد يسبب النزيف المزمن.

8- يسبب الغازات والانتفاخ.

9- يحفز إفراز الصفراء في الجهاز الهضمي ويسبب ألم وحرق شديد في المعدة.

10- يسبب التهابات شديدة في العين وخصوصا لمرضى الحساسية.

11- الجرعات الزائدة في تناول الزنجبيل تسبب حصوات المرارة والالتهابات الشديدة.

12- على الرغم من فوائده للأطفال ولكن ينصح الأطباء دائما بعدم اعطاءه للرضع لتتجنب اضراره على الجهاز الهضمي والجلد.

13-  يسبب سرعة ضربات القلب وخفقانه والهبوط.